При переводе денежных средств от ИП физ.лицу, ИП становится налоговым агентом и платит НДФЛ 13%, то есть удерживает налог с данного перевода.
Однако на партнерские программы распространяется ст. 228 НК РФ и возможно в оферте указать (будет указана соответствующая формулировка), что налог оплачивает физ.лицо, а не ИП, то есть сумму налога ИП не удерживает. В данном случае физ.лицо самостоятельно отчитывается перед налоговой о доходах (можно онлайн в личном кабинете), окончания камеральной проверки можно не дожидаться и сразу оплатить налог.
Если ИП переводит оплату плательщику НПД (самозанятому), плательщик НПД сам оплачивает налог от поступившей суммы в размере 6% с дохода, но обязательно направляет (выдает) чек. В чеке услугу можно оформить как «удаленная работа через электронные площадки» (оплата налога происходит в приложении, все автоматизировано).
Если ИП переводит денежные средства ИП, то ИП, получающий доход, оплачивает налог самостоятельно в зависимости от системы налогообложения (чаще всего это УСН от доходов, то есть 6% от суммы всех доходов).